Debido a que un sustituto de leche es un medio ideal para el crecimiento de microorganismos, se monitorea estrictamente su producción y procesamiento. Brucella abortus, Clostridium perfringens, Escherichia coli, Listeria monocyteogenes, Pasteurella multocida, y Pasteurella haemolytica, además de varias especies de Salmonela son patógenos que se tienen que tomar en cuenta en la industria alimenticia.

La pasteurización incrementa la vida en el anaquel de los componentes que se utilizan en todos los sustitutos de leche que contienen leche y plasma. Para proveer una pasteurización eficiente, la duración y temperatura del calor son los variables que se deben de considerar conjuntamente y que se deben controlar cuidadosamente. Entre más baja la temperatura, más tiempo se necesita; entre más alta la temperatura, se requiere menos tiempo.